在中世紀前後的一段時間,占星學到基督教的鎮壓幾乎已經消失盡,只剩下黄道上的符號出現在中世紀所使用的暦法上。
西元5世紀，基督教聖徒，聖．奥古斯丁(St．Augustine A.D354-430)以基督教〝萬能的主〞不能冒瀆，在其名著《懺悔錄》(Confession)，大肆抨擊占星學。
聖．奥古斯丁早年即研習過占星學，事實上，基督教早期發展中，為吸引信徒並未反對它，因宗教難免藉助神秘主義，尤其是基督的發展到壯大，正是羅馬帝國從興盛到滅亡，以至退居拜占庭(Bygantine)。
這種動盪戰亂的本命，人們尋求神秘事物慰藉，正是人之常情，而占星學中的本命占星學論述命運，可填補這項需求，宗教界當然不能忽視。
可是占星學的預卜未來和以一切為上帝旨意格格不入，自會引起基督教為維護教義而批判，聖．奥古斯丁即是一例，他以找到可以反駁占星學僅是偶然的驗証而已，並非觀察星辰，即孿生兄弟問題，其實這已是老掉牙的問題，但他的大力駁斥，這在基督教有一定的影響。隨著西羅馬帝滅亡，歐洲進入空前未有的文化黑暗時期，占星學的流傳似乎不見蹤影。占星學歷史稱之為第一次死亡。
當阿拉伯人在西元800年後其天文、醫學、數學、其他技藝甚為發達之際，歐洲的文化陷入了相當低潮，當然這段期間歐洲並非沒有占星家，但較不顯赫而已，A.D1066年英國諾曼公爵即威名遠播的威廉(William)，渡海征服英國，由於他篤信占星學，由其宮廷占星家為其選擇加冕禮之吉時，即西元1066年聖誕日的中午，這一時刻仍是研究英國國運的重要參考依據，而後占星學在英國大為流行。這些資料都從義大利、西班牙傳入，而義大利、西班牙之所以有這些學識，卻是經由鼎盛的阿拉伯文化輸入的。
原來阿拉伯人早在西元8世紀初就征服了西班牙，曾建立起後倭馬亞王朝，這裡的占星家也追隨阿爾布馬薩，形成所謂西阿拉伯學派，自然就成為阿拉伯通往西方的孔道，因此將阿拉伯保存且發揚光大的希臘天文學及天文學的寶貴文化資產，就轉回西歐，讓歐洲即將進入文藝復興時期。
占星學在歐洲沉寂了一段時間之後,又藉著阿拉伯人的著作回到了歐洲,十二世紀阿爾布馬薩的作品《天文學入門》被翻譯成拉丁文進入了歐洲,展開了占星學的另一個階段。
西元1125年波隆那大學Bologna University將占星術列為正式的學科,可見得占星術逐漸在中世紀社會中發生一些影響。此時占星學的發展大致上可以分為三個方向:
- 以解釋出生圖對人影響的「決疑占星學」(Judicial astrology);
- 以占卜為主的「時辰占占星」(Horary astrology);
- 以預測自然界與社會大事件為主的「世俗古星學」(Natural and mundane astrolo-gy)
到了十三世紀占星術逐漸回復了以往的勢力,從許多文學著作中可以看見占星術的影響,而占星家也再度成為社會的寵兒。神聖羅馬帝國(Sacrum Romanorum Imperium nationis Germanicae)的費得烈二世(Friedrich)在位時,身邊就常跟了一票占星家,最著名的就是他對米歇爾史考特(MichaelS)測驗,他要求米歇爾史考特猜他今天會從哪個城門出城,占星家把答案寫下後密封,要求費得烈二世出了城堡之後再打開,狡詐的費得烈二世故意不走原本的城門,硬是在城牆上弄出個洞再從中走出來。
出了城堡之後費得烈二世打開封條,上面寫著「國王今天將會從一個全新的出口出城。」米歇爾史考特也因此成為中世紀知名的占星師,並和另一位十三世紀備受貴族器重的占星師古德．波那提(Guido．Bonatti)他所寫的《天文學之書》是十三世紀相當重要的拉丁文占星著作,他本人也備受貴族們的器重。
古德．波那提(Guido．Bonatti)，確實出生年代未知，但A.D13世紀前葉，應可推演。他是位義大利人，為13世紀最負盛名的占星家，他所寫的《天文書》(Liberastonomicus)相當重要，匯總阿拉伯占星書的精華，至今仍是不可多得的占星書。波那提曾受雇皇家，與敵軍作戰，親自在城堡上發號施令，按其選定時辰作戰，據載百戰百勝，令人嘖嘖稱奇，他的天文書影響17世紀鼎鼎大名的威廉．裡利(William．Lilly)甚遠。現代占星家復古大將Robert．Zollar就以其書作為論斷訣竅，頗受推崇。
古德．波那提(Guido．Bonatti)公元6世紀歐洲文化史上最重要的人物之一
在那個時代大部分學者看來，占星學是整個知識體系中的一個重要成分，古德．波那提(Guido．Bonatti)在他的傳世之作《哲學的慰藉》中也不例外。他認為行星的運行是由「不朽的神意」所操控的，而從恆星的天球運動中，可以演繹出塵世的事務。他還贊同柏拉圖的見解，認為每個行星有著自己對應的音階，構成「天球的音樂」，顯示出宇宙的和諧。書中也有一些推算天球運行的細節，繪有一些在占星書中常見的示意圖--不過這些內容並未為天文學增加任何新知識。這部有著占星學內容的哲學著作後來由公元9世紀末的英國國王阿爾弗列德（Alfred）大王譯成盎格魯—撒克遜語言。
羅格．培根(Roger ．Bacon A.D1210- )，出生於英國的貴族家庭，是一位相當有才華的方濟會教士，嚴格說來，他是位哲學家，但演繹推理能力極強，被譽為現代科學之父，他對占星學的貢獻是極力擁護占星術，受其老師羅伯特．葛若瑟泰斯特(Robert Grosseteste)對星辰力量的虔信的影響，全盤接受占星術，並聳恿基督教會正面積極使用占星術，認為占星術可用來擊敗不信基督教的韃靼人，培根的勇於辯護、論証，使當時的占星術有所依靠。
聖．湯瑪斯．阿奎那斯(St．Thomas．Aguinas)，14世紀，道明會教士，他調和了占星術與基督教神學的衝突，而讓日漸茁壯的基督教排斥占星術而有了轉寰空間，因為他加進了自由意志(Free Will)，他認為天上星辰是上帝意志的代行者，因此會控制人的肉體，但並不控制靈魂(即自由意志)，靈魂是用來與上帝接觸的〝他的名言〞，聰明的人是星星的主人，適當地排除了占星術之命定論，增加了自由意志，對占星學影響甚深，認為受過正統訓練的占星師,能夠在上帝所允許的範圍內預測未來,並不會和自由意志相衝突。
